商業捕鯨

日本政府は、当初は（モラトリアムに対して）異議申し立てを行い、5,519頭のミンククジラ、マッコウクジラ、ニタリクジラを捕殺しました。しかし、アメリカが自国の排他的経済水域（EEZ）における日本の漁業権を取り消すと警告したことを受け、この異議申し立てを撤回しました。

その後、1987年からIWCを脱退する2019年まで、日本政府は2つの大規模な「特別許可捕鯨（科学調査捕鯨）」プログラムを実施しました。これは、日本国内の大手捕鯨会社数社の資産を統合して新設された「共同船舶株式会社」を通じて運営されてきました。

最も大規模なプログラムは、当初「南極海鯨類捕獲調査（JARPA）」として知られ、母船1隻と最大4隻の捕獲船からなる捕鯨母船機動船団を投入しました。その最盛期には、年間333頭のミンククジラと50頭のナガスクジラを捕殺していました。

北太平洋でのプログラムである「JARPN」は、当初、日本の沿岸海域でのミンククジラを対象としていました。これは、海岸から50マイル（約80km）以内の範囲で操業し、毎日帰港する「小型捕鯨船」を用いたものでした。2000年からは、このプログラムが拡大され、母船機動船団による沖合でのミンククジラ、イワシクジラ、ニタリクジラ、そして2013年まではマッコウクジラの捕獲も含まれるようになりました。

2014年、オーストラリアとニュージーランドによる提訴を受け、国際司法裁判所（ICJ）は、日本の第二期南極海鯨類捕獲調査（JARPA II）について「科学的調査の目的ではない」との判決を下し、それゆえに国際捕鯨取締条約（ICRW）に違反していると結論づけました。これにより、日本政府は2015年、南極海および北太平洋における「調査」プログラムの修正と再編を余儀なくされました。

1987年から2019年の間に、日本の特別許可（調査）捕鯨によって、累計1万7,637頭のクジラが捕殺されました。2018年の第67回IWC総会において、商業捕鯨モラトリアムの解除を働きかけた最新の試みが失敗に終わると、日本は2019年6月をもって両方の調査プログラムを終了。国際的な管理の枠外で商業捕鯨を行うため、IWCを脱退しました。

それ以来、日本の商業捕鯨業者は、IWCの権限や監視を完全に受けない状態で、ミンククジラ546頭、ニタリクジラ1,257頭、イワシクジラ185頭、そしてナガスクジラ90頭を捕殺してきました。さらに2024年5月、日本の商業捕鯨会社である共同船舶株式会社は、75億円の巨費を投じて建造した新型捕鯨母船「関鯨丸（かんげいまる）」を進水させました。